Seit 1919 befindet sich das Museum in der privaten Trägerschaft eines agilen, aus über 300 durchweg ehrenamtlichen Mitgliedern bestehenden Vereins für Altertumskunde und Heimatpflege Bad Buchau mit Federseemuseum e.V.
Das bürgerliche Engagement um den Erhalt und die Vermittlung dieses einzigartigen archäologischen Kulturerbes hat somit eine fast 100jährige Tradition.
Rund eine Viertel Million investiert der Buchauer Altertumsverein alljährlich in den Museumsbetrieb und schultert damit die Hauptlast der finanziellen Aufwendungen. Erwirtschaftet wird dies weitgehend aus den Erlösen von Eintrittsgeldern, Projektgebühren und Warenverkauf.
Als Kultureinrichtung ist das Federseemuseum somit vom Besucherzuspruch und der Nachfrage des angebotenen Vermittlungsprogramms abhängig. Das Museumsteam steht damit vor der besonderen Herausforderung, ein abwechslungsreiches, unterhaltsames und zugleich innovatives Vermittlungskonzept vorzuhalten, dass touristische Angebote ebenso berücksichtigt wie klassische Bildungsformate.